上海交通大学共有3个学科排名全国第一，分别为工商管理、生物医学工程和临床医学3个学科。第一名学科数排名全国第5。管理科学与工程排名全国第6。

中国最好学科排名中，各个学科排名的对象是在该一级学科设有学术型研究生学位授权点的所有高校，发布的是在该学科排名前50%的高校。按照上榜次数统计，上海交通大学55个学科上榜，排名全国第6。

不同学科的学科点基数不同，因此竞争的激烈程度也不一样。计算机科学与技术、工商管理等热门学科，参加排名的高校在300个左右，而像天文学、大气科学、石油与天然气工程和特种医学这样的小众学科，设置的高校数都不超过20个。为此，中国最好学科排名引入了百分位段的概念，在绝对数排名以外还给出了每个学科点在本学科所处的相对位置。根据计算，共有23所大学的57个学科点入选全国前1%学科。上海交通大学2个学科入选全国前1%，分别是工商管理和临床医学。

中国最好学科排名的指标体系由软科开发的学科发展水平动态监控系统内嵌的30余项测量指标所组成，这些指标全部都是高校学科建设部门日常管理中密切关注的关键指标，代表了学科点对本学科稀缺资源的占有情况。

软科将这30余项指标划分为10余个指标维度分别计算得分，然后归纳为高端人才、科研项目、成果获奖、学术论文、人才培养5个指标类别，最后汇总得到学科点的总分。数据全部来自第三方数据源，如教育部、科技部、国家自然科学基金委员会、国际和国内文献数据库等，经过软科开发的规范化数据清洗和学科归类流程处理后，统一得到各个学科点的各项指标数据。

为了对高校各个学科的水平和发展态势进行分析，软科于2015年开发了高校学科发展水平动态监控系统。该系统使用30余项反映学科竞争力的关键指标，帮助高校了解本校每个学科每项指标在全国学科点中的排序情况，找到学科发展的优势和短板。许多学校在使用过程中，从学科管理的角度出发，建议除了提供分项指标的分析，最好还能针对学科的发展状况给出一个概括性的结论。

与此同时，随着国家“双一流”建设的持续推进，一流学科的评价和遴选再次成为高教界和社会讨论的热点。在这些背景下，软科于2016年底决定开发中国最好学科排名，排名的目的是用客观数据为高校的学科建设提供参考，也为学生择校和公众了解高校的学科水平提供信息。